目前綠氫生產成本比灰氫或藍氫高，約為每千克4~5美元，而灰氫生產成本約為每千克2美元。除了生產成本，綠氫運輸也面臨挑戰，需要專用基礎設施。

對于綠氫的未來發展，許多人認為，其將取代石油衍生品，并在與電池技術競爭時有很大優勢。當前全球許多公司都計劃生產綠氫，但部分公司正面臨著清潔燃料推廣進程放緩的挑戰。雖然近年來生產工藝有所改進，但綠氫生產和運輸成本仍遠高于其他燃料，包括其他類型的氫氣。

灰氫或藍氫生產成本相對較低。但灰氫生產過程會產生大量二氧化碳，每噸氫氣約產生9~10噸二氧化碳。相比之下，綠氫生產雖然昂貴，但卻是實現碳中和的重要途徑，對于希望減碳的公司非常有吸引力。然而，部分業內人士認為，綠氫生產的高成本不會很快下降。

許多國際機構，如國際能源署（IEA）和國際可再生能源署（IRENA），將綠氫視為難減排領域的最優減碳方案。隨著全球各國政府和私營公司對綠氫業務增加投資，人們對綠氫生產成本大幅下降抱有很高期待，預測可能降至每千克0.5美元。但也有人認為，很難將綠氫生產成本降至每千克3美元以下。

國際可再生能源署2020年11月和12月分別發布兩份研究報告，即《綠氫：政策制定指南》和《綠氫成本降低：擴大電解槽生產規模以實現氣候目標》。這些研究旨在鼓勵政府和私營公司擴大生產規模、降低成本，推動全球綠氫生產進程。但目前為止，綠氫生產成本仍然較高，約是灰氫的2~3倍。

不過，2010年以來，電解槽價格已下降60％。國際可再生能源署表示，未來這一成本可能持續大幅下降，但這需要電解技術的創新。

另一個需要考慮的挑戰是運輸成本。能源咨詢公司伍德麥肯茲氫研究主管穆雷·道格拉斯表示，“氫氣運輸成本相當高，從技術和工程角度來看更復雜”。美國能源部在關于綠氫的報告中也提到一些挑戰，包括降低成本、提高能效、保持氫氣純度和使氫氣泄漏最小化等。

全球公司正在考慮最佳的綠氫生產設施位置。雖然澳大利亞、北非和中東地區發展這類項目的潛力巨大，但可能離主要市場較遠。道格拉斯強調，如果通過管道輸送綠氫，需要建立專用管道，連接生產商和最終用戶，或者以氨的形式進行運輸。

行業協會氫能歐洲首席執行官建議，需要建立認證體系，以確保綠氫生產都是由可再生能源驅動的。此外，還需要制定交付戰略，確保生產設施與綠氫市場充分連接。這在一些項目中已有所體現，如Cepsa公司在南歐和北歐之間建立的綠氫通道。

雖然綠氫產業面臨挑戰，但未來幾十年對該領域增加投資有利于解決部分問題，推動全球實現大規模的綠氫生產部署。